Os riscos da reprodução assistida dependem da etapa do procedimento.
A estimulação ovariana pode acarretar a síndrome da hiperestimulação ovariana, onde os ovários começam a inchar e a doerem. O fluido pode se acumular na cavidade abdominal e tórax, e a paciente pode sentir náuseas, vômitos ou perda de apetite. Até 3% das mulheres que sofreram estimulação ovariana tem um caso de síndrome de hiperestimulação ovariana (SHO) que podem ser controladas com medicações e reduções das atividades. Em síndromes moderadas, pacientes desenvolvem ou acumulam fluidos dentro da cavidade abdominal, e podem ocorrer sintomas gastrointestinais. Esta condição tende a se resolver, a menos que ocorra uma gravidez, atrasando a recuperação por diversas semanas. Até 2% das mulheres, desenvolvem a síndrome mais severa, caracterizada por ganho de peso excessivo, acumulação de fluido na cavidade abdominal e tórax, anormalidades nos eletrólitos, maior concentração de sangue e raramente o desenvolvimento de coágulos sanguíneos, falência renal ou até mesmo a morte. Talvez seja clinicamente aconselhável a drenagem deste fluido abdominal, se a respiração começar a se dificultar. Pacientes com a síndrome mais severa, devem ser hospitalizadas até que os sintomas melhorem. Se ocorrer uma gravidez, a síndrome pode ser piorada.
As chances de gestação múltiplas aumentam na reprodução assistida, quando mais que um embrião é transferido. Embora alguns considerem o nascimento de gêmeos um resultado feliz, eles são alguns dos problemas associados a múltiplos nascimentos; e os problemas aumentam progressivamente se forem trigêmeos. Mulheres grávidas de múltiplos, talvez precisem guardar repouso por semanas ou mesmo meses na tentativa de atrasar o parto prematuro.
No primeiro trimestre, sangramento pode ser um sinal de um possível aborto ou de uma gravidez ectópica (fora do útero).
Abortos podem ocorrer após o tratamento, mesmo depois de identificada a gravidez através de exames de USG. Abortos ocorrerem após o exame de USG em quase 15% de mulheres jovens até 35 anos, em 25% até 40 anos, e em 35% de 42 anos ou mais.