A etapa seguinte no processo de fertilização in vitro é a transferência do embrião, que pode ocorrer entre o segundo e sexto dia após a aspiração folicular, ou até mesmo em outro ciclo.
Não é necessário nenhum tipo de anestesia, embora algumas pacientes possam desejar um sedativo suave.
O médico identifica a cérvix usando um espéculo vaginal, passando assim, um cateter guia pelo colo uterino. Neste momento na sala de FIV, um cateter com os embriões a serem transferidos é montado. O médico guia delicadamente a ponta do cateter de transferência através da cérvix e coloca a contenção do líquido com embriões na cavidade uterina. O procedimento é geralmente indolor, embora algumas mulheres sintam uma leve cólica.
O número de embriões transferidos é baseado de acordo com a idade da mulher ou da doadora. Estas condições foram criadas a fim de ajudar a manter as taxas de êxito elevadas nos centros de Fertilização, e diminuir as taxas de gestações múltiplas. A legislação brasileira permite a transferência de até quatro embriões. O médico e a embriologista discutirão isto com o paciente antes de transferência.
Observa-se nos últimos anos, um aumento das taxas de gestações em paciente que transferem em ciclos não estimulados. Isto se deve à maior receptividade endometrial, pois o mesmo não sobre influência negativa das medicações injetáveis utilizadas no ciclo de estimulação ovariana.
Muitos centros nacionais e internacionais preferem realizar o congelamento dos oócitos ou embriões e transferi-los em ciclo posterior, aumentando assim as chances de gestação da paciente.